諸多的研究表明：胃腸道疾病患者多表現(xiàn)出不同程度的腸道微生物種類和豐度的變化。腸道微生物的失衡會使腸道的通透性增強(qiáng)，從而釋放細(xì)菌產(chǎn)物誘發(fā)炎癥的產(chǎn)生，引起宿主代謝紊亂，這一過程主要是由腸道微生物代謝物（如：膽汁酸（BA）、短鏈脂肪酸（SCFA）、氨基酸、脂肪酸等）所介導(dǎo)。

靶向代謝組學(xué)是按照代謝組學(xué)的原理和思路，只對有限的幾個或幾類與生物學(xué)事件相關(guān)的代謝物進(jìn)行分析和研究的方法。通常在通過非靶向代謝組學(xué)發(fā)現(xiàn)差異代謝物之后，再利用靶向代謝組學(xué)進(jìn)行進(jìn)一步系統(tǒng)的確證。近年來新發(fā)展起來的糖組學(xué)、脂質(zhì)組學(xué)等也屬于靶向代謝組學(xué)的范疇。與非靶向代謝組學(xué)相比，靶向代謝組學(xué)在分析上更具有針對性，與非靶向代謝組學(xué)優(yōu)勢互補(bǔ)，是代謝組學(xué)的重要組成部分。