概述[1]
對已有參考基因組序列的物種進行個體或群體全基因組測序稱為全基因組重測序。全基因組重測序結果與已有參考基因組序列進行比對,檢測出全基因組范圍的單核苷酸多態(tài)(SNP)、插入缺失突變(InDel)、拷貝數變異(CNV)和機構變異(SV)等變異信息,獲得個體或群體分子遺傳特征,進行動物重要經濟性狀候選基因預測及遺傳進化分析,廣泛應用于遺傳變異檢測、性狀基因定位、遺傳圖譜構建和遺傳進化研究。
全基因組重測序數據分析最關鍵的一步在于序列比對(mapping),將重測序所得的reads序列與已有的參考基因組序列進行相似性比較,比對過程一般按兩步進行:首先歸類整理reads數據或參考基因組序列,然后用適當算法比對和定位reads序列。
基因組重測序的應用[2]
基因組重測序在動物方面的應用,通過基因比對,能夠預測與動物重要性狀有關的候選基因,通過全基因組重測序能夠定位QTL,預測候選基因,分析群體進化過程等。植物、微生物和昆蟲等方面也有應用,有助于分子育種、功能和進化研究。研究結果能幫助人們理解各種進化力如何相互影響。從而影響相關物種之間的基因組進化。
技術優(yōu)勢
全基因組重測序可全面掃描基因組上的變異信息,一次性挖掘大量的生物標記物,該技術準確性高、可重復性好、定位精確,已被廣泛應用于疾病、癌癥的基因組研究。
主要參考資料
[1] 李國治,鄧衛(wèi)東?;蚪M測序技術及其應用研究進展。安徽農業(yè)科學,J.Anhui Agric.Sci.2018,46(22):20-22,25
[2] 宋志芳,蘆春蓮,曹洪戰(zhàn).全基因組重測序及其在動物育種的研究進展。畜牧與獸醫(yī)2017年第49卷第11期