背景[1-5]
PureLink Genomic DNA Mini Kit可從多種類型樣品中提取大量高純度的基因組DNA(gDNA)。這一試劑盒采用常規(guī)硅離心柱形式，可以從血液、組織、細(xì)胞，細(xì)菌、拭子以及血斑中提取高純度的基因組DNA。DNA親和層析是一種檢測(cè)DNA與蛋白質(zhì)相互作用的技術(shù)手段，屬于親和層析的一種，利用一些蛋白質(zhì)能結(jié)合特定序列的DNA片段的原理，分離與特定DNA序列有相互作用的蛋白質(zhì)。
DNA親和層析是利用親和層析的原理與技術(shù)分離能與特定DNA序列相互作用的技術(shù)方法?？偟倪^程包括兩步，即：
1、將某一類細(xì)胞中所有的蛋白質(zhì)過含有該類細(xì)胞各種片段的DNA層析柱，用低濃度鹽溶液洗去不與DNA作用的絕大多數(shù)蛋白，用中濃度鹽溶液洗脫大部分與能DNA相互作用的蛋白。
2、將步得到的能與DNA相互作用的蛋白過只含有特定DNA序列的層析柱，然后用中等濃度的鹽溶液洗脫不與該特定DNA序列相互作用的蛋白，然后用較高濃度的鹽溶液洗脫并得到與該特定DNA序列相互作用的蛋白。純化柱是表面偶聯(lián)有二乙胺乙醇(DEAE)的親水性樹脂.DNA純化原理為DNA磷酸基帶負(fù)電荷,DEAE帶正電荷,DNA可以在0.1.4 mol．L-1的相當(dāng)大的鹽濃度范圍內(nèi)仍與DEAE結(jié)合,當(dāng)?shù)望}QBT溶液平衡純化柱后,即可加樣,用中等鹽濃度的QC洗去RNA和其他雜質(zhì),最后用高鹽濃度的QF將DNA洗脫下來。
由于傳統(tǒng)的離子交換范圍僅在0.4 mol．L-1以內(nèi),使雜質(zhì)和DNA洗脫范圍十分接近,難于達(dá)到滿意的純化效果.但該柱一經(jīng)使用,6h后純化效力即開始下降.估計(jì)可能得原因有二,1是樹脂表面親水性強(qiáng),極易吸附蛋白,糖類,RNA等水容物,從而使原裝柱經(jīng)幾次循環(huán)后吸附過多雜質(zhì),影響了DEAE吸附DNA的能力,同時(shí)雜質(zhì)阻塞樹脂間隙,使液體流過柱子的速度明顯變慢,2是DEAE與樹脂的偶聯(lián)并不十分穩(wěn)定,在一經(jīng)使用后的液體環(huán)境中,容易逐步解離。
特點(diǎn)：
1.增加靈活性–一種試劑盒適用于多種類型及批量的樣品；
2.超純gDNA–無論樣品來源，均能獲得極佳的A260⁄A280及A260⁄A230吸收比；
3.改進(jìn)型設(shè)計(jì)–提高產(chǎn)量和純度，優(yōu)化離心柱膜及緩沖液配方。
應(yīng)用[6][7]
PureLink 基因組DNA試劑盒可用于腸道菌群DNA提取與鑒別技術(shù)研究：
目前,普遍的提取腸道菌群的方法是從糞便樣品中進(jìn)行分離,然而糞便樣品中的組份十分的復(fù)雜,除包含有腸道菌群外,還包含有各類蛋白質(zhì)有機(jī)物、各類無機(jī)鹽、各類纖維素、食物未消化完全殘?jiān)?、腸道內(nèi)壁脫落細(xì)胞等。因此,在提取腸道菌群或是腸道菌群DNA時(shí),需要對(duì)糞便樣品進(jìn)行一些預(yù)處理操作,通過預(yù)處理保證提取濃度的同時(shí)提高其純度。
通過測(cè)序以及DGGE電泳等對(duì)腸道菌群DNA進(jìn)行檢測(cè)所需時(shí)間長(zhǎng),操作繁瑣;光譜法作為一種純物理的光學(xué)方法,檢測(cè)快速,操作簡(jiǎn)便,可以達(dá)到對(duì)腸道菌群DNA進(jìn)行檢測(cè)和鑒別的目的。本文利用正交分析方法對(duì)影響腸道菌群DNA提取純度和濃度的各條件:樣品與生理鹽水比例、離心速度、離心時(shí)間、離心次數(shù)進(jìn)行了綜合全面地分析研究,得出了腸道菌群DNA提取純度和濃度隨各因素條件改變的變化趨勢(shì);得出了各因素對(duì)腸道菌群DNA提取純度和濃度影響的先后次序;建立了一種的提取腸道菌群DNA的預(yù)處理方法。
對(duì)于不同物種的腸道菌群DNA,利用光譜法一次檢測(cè)即可得到紫外全波段的吸光度信息。通過主成分分析方法利用主成分得分值,結(jié)合歐氏距離對(duì)不同物種的腸道菌群DNA進(jìn)行分類,例如人、貓、狗、兔,驗(yàn)證了光譜法對(duì)不同物種腸道菌群DNA進(jìn)行分類鑒別的可行性。通過正交分析方法建立一種優(yōu)化腸道菌群DNA提取預(yù)處理方法,能夠得到高純度、高濃度的DNA;利用主成分和聚類分析方法對(duì)不同物種腸道菌群DNA進(jìn)行鑒別分類。為腸道菌群或是腸道菌群DNA的提取和檢測(cè)鑒別技術(shù)提供一定的參考。
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