背景[1-6]
Pierce Silver Stain for Mass Spectrometry是目前來說用于檢測和觀察蛋白最靈敏的顯色方法。這種技術利用銀離子能夠強烈的結合到某些蛋白功能集團上，比如羧酸集團(Asp和Glu),咪唑(His),硫氫基(Cys),以及氨基(Lys)。
在顯色溶液的幫助下，銀離子還原成銀金屬從而出現(xiàn)了可視化的條帶。既然這種技術提供最高的靈敏度(它可以用于檢測低于1ng的蛋白)同時對于涉及到微量蛋白的應用來說會非常有用,同時它在使用中也有很多缺點。
包括如下:
Pierce Silver Stain是時間和勞動密集型的。染色過程涉及多個步驟和試劑，凝膠染色之后需要加入顯色劑。因為顯色需要的時間在各個膠之間變動很大，使用這個技術不能保證在定量分析中足夠的重復性。狹窄的線性動力學范圍。這使得銀染不是非常適合進行定量。不能染色所有的蛋白。銀染不好的地方在于不能對于常見翻譯后的蛋白修飾，比如糖蛋白和磷酸化蛋白進行染色。對于下游的應用提供有限的兼容性。傳統(tǒng)的銀染要求使用戊二醛或甲醛，這些化學物質能夠導致凝膠中蛋白的化學交聯(lián)。這限制了兼容方法的數(shù)量用于質譜分析。最新的質譜兼容銀染方法已經有商用的產品能夠提供更大的兼容性，但是仍然和傳統(tǒng)的銀染方法一樣有相同的缺點。
Pierce Silver Stain用于SDS-PAGE、非變性PAGE或2D電泳膠上進行蛋白銀染，經過消除液處理后，去除附著蛋白質和膠上的銀粒，再經過原位酶解、脫鹽等蛋白質質譜樣品制備布置后就可以用于質譜分析。本試劑盒具有低背景和檢測靈敏度高等特點，可在3小時內完成銀染及染色后膠內銀粒子的清除。用BSA蛋白檢測靈敏度可以達到0.5 ng。
應用[7][8]
用于肺癌早診蛋白質譜的篩查鑒定及SWI/SNF染色質重組復合物失調研究。
肺癌包括小細胞肺癌(SCLC)的和非小細胞肺癌,后者約占所有肺癌類型的80%。肺癌是全球癌癥相關死亡的首要病因,因為大多數(shù)肺癌在診斷時已經出現(xiàn)晚期轉移。最近的研究表明,肺癌患者的外周血中存在腫瘤相關的特異性抗原的自身抗體,可用來作為一種肺癌早期檢測的生物標志物。材料與方法:我們用20例非小細胞肺癌組織標本(Ⅰ至IV期)構建了一個噬菌體展示文庫。然后用肺癌患者和正常健康對照血清對這個文庫進行生物淘洗富集和血清免疫學分析。
噬菌體表達腫瘤相關蛋白的初步挑選是建立在患者與正常健康對照組患者的血清抗體的親和力差別的基礎上。噬菌體表達蛋白的基因序列確認后,從非小細胞肺癌細胞株和組織標本的基因芯片中可以查找那些讀碼框內表達蛋白對應的基因表達水平。表達上調的基因編碼的噬菌體表達蛋白被選定用于酶聯(lián)免疫吸附測定(ELISA)。我們進一步用40例非小細胞肺癌患者和36例健康對照組血清來檢測這些腫瘤相關自身抗體的有效性。
邏輯回歸模型(Logistic regression models)和棄一交叉驗證法(Leave-one-out cross validation)被用來評估單一和聯(lián)合標志物預測肺癌能力,而后一種統(tǒng)計方法也用于分析這些標志物與疾病分期的關系。
材料與方法:
(1)來自吸煙者與非吸煙者的101例肺癌細胞株和83例非小細胞肺癌及配對良性肺組織樣本用于此項研究。
(2)應用NextGen測序和Sanger測序技術用于對肺癌細胞株DNA的SWI/SNF染色質重組復合物基因進行測序。
(3)應用Western Blot技術檢測肺癌細胞株核蛋白提取物中部分SWI/SNF染色質重組復合物的蛋白表達水平。
(4)應用化學誘導甲基化用于檢測BRM蛋白缺失的細胞株。
(5)應用基因芯片用于檢測肺癌細胞株和組織樣本中全基因組基因的表達水平。
(6)應用單核苷酸多態(tài)性芯片分析用于檢測肺癌細胞株和組織樣本中全基因組基因的拷貝數(shù)變化。
(7)應用免疫組化芯片染色用于對肺癌組織中BRG1和BAF250a的表達進行分析。
參考文獻
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[4]SWI/SNF complexes,chromatin remodeling and skeletal myogenesis:It’s time to exchange![J]。Sonia Albini,Pier Lorenzo Puri。Experimental Cell Research。2010(18)
[5]Autoimmunity to SOX2,clinical phenotype and survival in patients with small-cell lung cancer[J]。Paul Maddison,Alison Thorpe,Paul Silcocks,John F。R。Robertson,Caroline J。Chapman。Lung Cancer。2010(3)
[6]Immunogenicity of SEREX-identified antigens and disease outcome in pancreatic cancer[J]。Cancer Immunology,Immunotherapy。2010(9)
[7]Serum autoantibodies as biomarkers for early cancer detection[J]。Hwee TongTan,JiayiLow,Seng GeeLim,Maxey C。M。Chung。FEBS Journal。2009(23)
[8]姚毅冰。肺癌早診蛋白質譜的篩查鑒定及SWI/SNF染色質重組復合物失調研究[D]。天津醫(yī)科大學,2012。