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非酶DNA清除劑

2020/3/22 17:05:45

背景[1-7]

非酶DNA清除劑是一種使用破壁酶(Lyticase)消化去除酵母細(xì)胞壁,然后采用一種新型的酵母質(zhì)粒純化柱實(shí)現(xiàn)從酵母細(xì)胞中進(jìn)行小量質(zhì)??焖俪樘岬脑噭┖小7敲窪NA清除劑本實(shí)驗(yàn)方法的基本原理是,在高鹽狀態(tài)下,硅膠膜專一性地吸附DNA;而在低鹽或水溶液狀態(tài)下,DNA被洗脫下來。此法簡便快捷,可在30分鐘內(nèi)同時(shí)提純二十多個(gè)樣品。

從3~5ml培養(yǎng)過夜的含高拷貝質(zhì)粒的菌液中可以獲得10~20μg高純度的質(zhì)粒DNA,用于酶切、轉(zhuǎn)化、DNA自動測序和手工測序等。用Trizol等方法提取的細(xì)胞總RNA樣品中經(jīng)常會含有基因組DNA污染,這些污染會影響下游的RT-PCR和Northern雜交等實(shí)驗(yàn)。目前最常用的RNase-freeDNase處理方法因DNase中所含殘留的RNase能破壞RNA完整性而具有很大缺陷。開發(fā)的非酶DNA清除劑不但徹底避免了RNase-free DNase的這一缺陷,同時(shí)還具有操作快速,穩(wěn)定性好和性價(jià)比高等諸多優(yōu)點(diǎn),完全可以替代價(jià)格昂貴的RNase-free DNase。

特點(diǎn):

1無需酚氯仿抽提,無需酒精沉淀,12個(gè)樣品只需約1-1.5小時(shí)即可完成。

2試劑盒提供了破壁酶(Lyticase),酵母收集后,加入Lyticase消化去除細(xì)胞壁,接著采用傳統(tǒng)堿裂法裂解細(xì)胞,然后將獲得的上清液轉(zhuǎn)移至結(jié)合柱結(jié)合DNA,經(jīng)過離心快速洗滌,最后用洗脫液洗脫出酵母質(zhì)粒DNA。

3由于采用了高濃度的破壁酶,無需再使用玻璃珠,可以避免因?yàn)椴Aе榈臋C(jī)械作用帶來的酵母基因組DNA污染。

非酶DNA清除劑純化柱可以結(jié)合的質(zhì)粒量的上限約為20微克。質(zhì)粒DNA的產(chǎn)量依賴于酵母攜帶質(zhì)粒的拷貝數(shù),酵母菌株以及生長條件。通常酵母質(zhì)粒的拷貝數(shù)較低,1.5-5ml培養(yǎng)過夜的酵母抽提獲得的質(zhì)粒DNA量約為1-3微克左右。高拷貝酵母質(zhì)粒抽提時(shí)的得率會大大提高。抽提所得質(zhì)粒的量與酵母培養(yǎng)濃度、質(zhì)粒拷貝數(shù)、酵母品系等因素有關(guān)。

應(yīng)用[8][9]

非酶DNA清除劑可用于高純度RNA提取中的DNA的去除:

在擬南芥Flowering Locus T基因生物功能及其mRNA移動能力研究需要提取高純度的RNA。擬南芥開花誘導(dǎo)基因網(wǎng)絡(luò)主要是通過光周期途徑(photoperiod pathway)、春化途徑(vernalization PathWay)、自發(fā)途徑(autonomous pathway)和赤霉素途徑(GA pathway)等4個(gè)途徑進(jìn)行的,有很多相關(guān)基因起作用,其中擬南芥FLOWERING LOCUS T(FT)基因在其成花信號基因網(wǎng)絡(luò)中起很重要的整合作用,在光周期誘導(dǎo)途徑中,擬南芥葉片中光受體與相關(guān)感光節(jié)律基因構(gòu)成的生物節(jié)律鐘感受光周期信號,調(diào)控CONSTANS(CO)基因節(jié)律表達(dá),CO基因在合適光周期調(diào)控下,將開花信號傳導(dǎo)至FT基因,引起葉片中FT基因表達(dá),F(xiàn)T基因表達(dá)產(chǎn)物、FT mRNA單獨(dú)或相互作用,經(jīng)韌皮部長距離運(yùn)移到頂端分生組織,調(diào)節(jié)下游分生組織及花器官決定基因形成花芽開花。

FT基因在光周期及其它開花誘導(dǎo)途徑中起開花信號關(guān)鍵整合作用,也是現(xiàn)在已知在葉片中感受開花信號而長距離作用于頂端分生組織的基因。本試驗(yàn)對擬南芥FT基因的研究取得了如下研究結(jié)果:采集16h長日照條件下始花期野生型擬南芥葉片為樣本,采用異硫氰酸胍法提取總RNA,利用RT-PCR法成功克隆得到擬南芥開花誘導(dǎo)遺傳網(wǎng)絡(luò)中關(guān)鍵的樞紐基因FLOWERING LOCUST(FT),分析得到完整FT基因閱讀框序列,完整閱讀框架長度為528bp,經(jīng)與NCBI GeneBank數(shù)據(jù)庫比對序列完全正確。

參考文獻(xiàn)

[1]Export of FT Protein from Phloem Companion Cells Is Sufficient for Floral Induction in Arabidopsis[J] . Johannes Mathieu,Norman Warthmann,Frank Küttner,Markus Schmid.  Current Biology . 2007 (12)

[2]INTEGRATIVE PLANT BIOLOGY: Role of Phloem Long-Distance Macromolecular Trafficking[J] . Tony J. Lough,William J. Lucas.  Annual Review of Plant Biology . 2006

[3]Conservation and Divergence of FCA Function between Arabidopsis and Rice[J] . Jeong-Hwan Lee,Young-Sil Cho,Hoon-Seok Yoon,Mi Chung Suh,Jihyun Moon,Ilha Lee,Detlef Weigel,Choong-Hyo Yun,Jeong-Kook Kim.  Plant Molecular Biology . 2005 (6)

[4]The SOC1 MADS‐box gene integrates vernalization and gibberellin signals for flowering in Arabidopsis[J] . JihyunMoon,Sung‐SukSuh,HorimLee,Kyu‐RiChoi,Choo BongHong,Nam‐ChonPaek,Sang‐GuKim,IlhaLee.  The Plant Journal . 2003 (5)

[5]FY Is an RNA 3′ End-Processing Factor that Interacts with FCA to Control the Arabidopsis Floral Transition[J] . Gordon G Simpson,Paul P Dijkwel,Victor Quesada,Ian Henderson,Caroline Dean.  Cell . 2003 (6)

[6]Potato virus X: a model system for virus replication, movement and gene expression[J] . Jeffrey S.Batten,ShigeoYoshinari,CynthiaHemenway.  Molecular Plant Pathology . 2003 (2)

[7]The VERNALIZATION INDEPENDENCE 4 gene encodes a novel regulator of FLOWERING LOCUS C[J] . Hua Zhang,Steven Van Nocker.  The Plant Journal . 2002 (5)

[8]The VERNALIZATION 2 Gene Mediates the Epigenetic Regulation of Vernalization in Arabidopsis[J] . Anthony R. Gendall,Yaron Y. Levy,Allison Wilson,Caroline Dean.  Cell . 2001 (4)

[9]劉旭新. 擬南芥Flowering Locus T基因生物功能及其mRNA移動能力研究[D].西北農(nóng)林科技大學(xué),2008.

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