品名：DNA Pull-down Kit，貨號：IF9606，品牌：Engibody
訂購及技術(shù)咨詢：朱小鷗，13817407320(微信同號)
NIH、麻省理工、哈佛、斯坦福等世界名校課題組青睞并長期采購的DNA Pull-down Kit試劑盒！
DNA-DNA結(jié)合蛋白Pull down實(shí)驗(yàn)試劑盒
Smart-DNA-Pull?
磁珠法DNA Pull-down試劑盒的4大優(yōu)勢
1、本試劑盒適用于貼壁細(xì)胞、懸浮細(xì)胞、動(dòng)物組織、植物組織及純化后的重組蛋白，適用于末端生物素標(biāo)記的各種長度和復(fù)雜性的DNA探針。適用內(nèi)源性、過表達(dá)或體外翻譯的蛋白作為樣本類型。
2、本試劑盒使用生物素標(biāo)記DNA探針直接捕獲目的蛋白，例如轉(zhuǎn)錄因子。pull-down時(shí)不需要抗體，且采用磁珠法，也不需要離心。完成DNA標(biāo)記反應(yīng)后僅需極少的手動(dòng)操作時(shí)間（小于3小時(shí)）。
3、本試劑盒適用于DNA序列與轉(zhuǎn)錄因子、轉(zhuǎn)錄輔助因子、DNA損傷修復(fù)因子等DNA結(jié)合蛋白的相互作用，下游銜接已知蛋白的Western blot驗(yàn)證檢測和未知蛋白的質(zhì)譜鑒定。
4、本說明書是一本DNA Pull-down實(shí)驗(yàn)的全面技術(shù)手冊，匯總了DNA與各種蛋白互作的詳細(xì)信息?？赐赀@本保姆級說明書，所有疑難都會迎刃而解，DNA Pull-down盡在掌握之中。
第一部分：背景簡介及應(yīng)用場景
磁珠法DNA-蛋白Pull-down捕獲試劑盒為研究人員提供了一種簡化、高效的方法，使用末端生物素標(biāo)記的DNA作為誘餌來富集與DNA互作的蛋白。
適用于DNA序列與轉(zhuǎn)錄因子、轉(zhuǎn)錄輔助因子、DNA損傷修復(fù)因子等DNA結(jié)合蛋白的相互作用。
下游銜接已知蛋白的Western blot驗(yàn)證檢測和未知蛋白的質(zhì)譜鑒定。
1、DNA Pull-down和ChIP、EMSA，這三種研究RNA-蛋白互作技術(shù)的內(nèi)在區(qū)別是什么？
1)、DNA Pull-down———In Vitro體外通過DNA探針捕獲目的蛋白或其他候選蛋白，獲取蛋白后進(jìn)行WB檢測或MS質(zhì)譜鑒定。是經(jīng)典方法。
2)、EMSA———電泳凝膠遷移阻滯實(shí)驗(yàn)(Electrophoretic Mobility Shift Assay)，In Vitro體外通過DNA探針檢測目的蛋白，反向驗(yàn)證了ChIP。也是經(jīng)典方法。
3)、ChIP———染色質(zhì)免疫沉淀技術(shù)是一種用于在細(xì)胞天然背景下In Vivo體內(nèi)探測蛋白質(zhì)-DNA 相互作用的技術(shù)。這種方法可以用于檢測特定DBP蛋白與DNA的結(jié)合水平。
2、ChIP和CUT&RUN、CUT&Tag，這三種體內(nèi)In Vivo DNA-蛋白互作技術(shù)的簡介和比較
CUT&RUN、 CUT&Tag都是研究DNA和蛋白互作的新技術(shù)，是2017年由美國弗雷德癌癥中心的Henikoff教授開發(fā)的新技術(shù)，受到廣泛關(guān)注，這個(gè)技術(shù)是ChIP技術(shù)的強(qiáng)大補(bǔ)充，適用于低細(xì)胞用量的實(shí)驗(yàn)，只需要100個(gè)-10萬個(gè)細(xì)胞的樣本即可實(shí)施實(shí)驗(yàn)，而ChIP需要百萬級細(xì)胞才能實(shí)施。所以CUT&RUN、 CUT&Tag對于難以獲得足夠細(xì)胞樣本的實(shí)驗(yàn)者來說是個(gè)好消息，但是這兩種新技術(shù)雖然原理巧妙，但操作步驟較為復(fù)雜，試劑盒較貴，而且因?yàn)槭侨涛⒘坎僮?，需要添置不少專門的儀器設(shè)備（Qseq 100或安捷倫bioanalyzer 2100等）。對于不難獲得樣本細(xì)胞的實(shí)驗(yàn)者而言，傳統(tǒng)經(jīng)典ChIP技術(shù)仍然有其不可替代的獨(dú)特優(yōu)勢，操作較為簡單，步驟成熟，無需額外添置昂貴的專門儀器，實(shí)驗(yàn)成本大大降低。
第二部分：技術(shù)原理和技術(shù)流程
技術(shù)原理：
當(dāng)固定在鏈霉親和素磁珠上的DNA探針與蛋白樣本混合孵育時(shí)，樣本中可以與DNA探針結(jié)合的蛋白被探針捕獲，并與探針形成蛋白-探針復(fù)合物，經(jīng)過洗滌和洗脫得到目的蛋白，對于未知蛋白可以通過質(zhì)譜來鑒定，對于已知蛋白可以通過WB實(shí)驗(yàn)來驗(yàn)證。
第四部分：DNA Pull-down結(jié)果示例
DNA Pull-Down and WB assay
Ncoa3 is recruited via Esrrb to ERREs at target loci. (A) DNA pull-down assays using previously described wild-type (Wt) or ERRE mutated sequences from Esrrb, Klf4, Sox2 (Feng et al. 2009), or Nanog (van den Berg et al. 2008). Biotinylated probes (40–50 base pairs [bp]) were incubated with extracts from COS-1 cells transfected with Flag-Esrrb and Ncoa3 and recovered on streptavidin beads, and DNA-associated proteins were visualized by Western blotting. (B) Esrrb and Ncoa3 enrichment levels at Esrrb, Klf4, Nanog, and Sox2 ERREs and an intergenic (Inter.) control region in ESCs as assessed by ChIP and qPCR and expressed relative to input. Data are the mean 6 SEM of three biological replicates. (C) Ncoa3 and Esrrb enrichment levels at candidate loci following Esrrb depletion in ESCs, expressed relative to input. Enrichment for shGFP transfected cells is set at 100% in each individual experiment. Data are the mean 6 SD of at least two independent experiments. Dotted lines in B and C indicate background enrichment by control IgGs (Santa Cruz Biotechnology). (D) Western blotting showing specific Esrrb protein depletion 48 h after transfection with shEsrrb. Note that Ncoa3 and Oct4 levels are unchanged at this time. (E) DNA pull-down assays using Nanog wild-type or ERRE mutated probe, which also contains a neighboring Oct–Sox site (van den Berg et al. 2008), and cell extracts from COS-1 transfected with Ncoa3, Oct4, and Sox2.
第五部分：DNA Pull-down試劑盒組分清單
（共計(jì)15個(gè)組分，均可單獨(dú)購買）
| 編號 | 組分名稱 | 數(shù)量 | 保存 | 注意 |
| 下列組分收到后需儲存在 4 °C中。 |
| IF9303 | 核酸友好型Streptavidin Magnetic Beads
備注：此Streptavidin磁珠表面已預(yù)先包被核酸oligo，可以最大程度降低對探針的非特異性結(jié)合 | 1 mL | +4 °C | 磁珠不要冷凍，不要干燥，
不要高速離心 |
| D-pull-001 | 1×DNA探針-磁珠結(jié)合反應(yīng)液 | 10 mL | +4 °C |
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| D-pull-002 | 磁珠洗滌液 | 5 mL | +4 °C |
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| D-pull-003 | 10×DNA探針-蛋白捕獲反應(yīng)液 | 1 mL | +4 °C |
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| D-pull-004 | TCEP | 5 mg | +4 °C | 用時(shí)新鮮配制100mM |
| D-pull-005 | D-pull專用1×洗滌液 | 10 mL | +4 °C |
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| D-pull-006 | D-pull專用洗脫液（變性） | 1.5 mL | +4 °C |
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| D-pull-007 | D-pull專用洗脫液（非變性，A液） | 4 mL | +4 °C |
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| D-pull-008 | D-pull專用洗脫液（非變性，B液） | 0.5 mL | +4 °C |
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| D-pull-009 | 快速靈敏蛋白染膠液（兼容質(zhì)譜） | 50 mL | +4 °C | 用于MS質(zhì)譜 |
| 下列組分收到后必須要儲存在 -20 °C中 |
| D-pull-010 | Poly (dI?dC) | 125μL | -20 °C |
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| D-pull-011 | 50% Glycerol | 500 μL | -20 °C |
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| D-pull-012 | D-pull專用Loading Buffer（5×） | 1 mL | -20 °C | 用于SDS-PAGE |
| AT0098 | 山羊抗小鼠二抗 Conjugated HRP | 100 μL | -20 °C | 用于下游WB檢測 |
| AT0097 | 山羊抗兔二抗 Conjugated HRP | 100 μL | -20 °C | 用于下游WB檢測
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關(guān)鍵字： DNA和蛋白互作;DNA結(jié)合蛋白;轉(zhuǎn)錄因子;DNA Pull-down;DNA修復(fù)蛋白;
復(fù)名表觀遺傳學(xué)（上海復(fù)名醫(yī)療科技有限公司），專注于表觀遺傳學(xué)研究工具的開發(fā)和表觀技術(shù)服務(wù)的提供。
經(jīng)過多年和全球著名大學(xué)表觀研究領(lǐng)域?qū)＜医淌诘慕涣骱吞接?，積累經(jīng)驗(yàn)，精準(zhǔn)解決表觀研究工具領(lǐng)域的痛點(diǎn)難點(diǎn)，在表觀基因組學(xué)、表觀轉(zhuǎn)錄組學(xué)和表觀蛋白組學(xué)領(lǐng)域均開發(fā)了一系列研究試劑盒并提供表觀技術(shù)服務(wù)，和哈佛大學(xué)，華盛頓大學(xué)，斯坦福大學(xué)，麻省理工學(xué)院，UCSC，UCSF，HHMI，德國海德堡大學(xué)，法國國家健康與醫(yī)學(xué)研究院inserm等世界名校均建立了密切的合作和交流，所開發(fā)的抗體，試劑，試劑盒受到了全球客戶的歡迎。
Engibody為復(fù)名表觀遺傳學(xué)旗下品牌，所開發(fā)的抗體，試劑，表觀試劑盒在全球范圍內(nèi)銷售，受到眾多世界著名大學(xué)課題組老師及醫(yī)藥500強(qiáng)巨頭的認(rèn)可和喜愛。
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