PCR優(yōu)化試劑盒提供8種耐熱聚合酶和相應(yīng)的精心配制的緩沖液，其中緩沖液的pH值，鹽離子濃度和助溶劑成分等各不相同，當(dāng)擴(kuò)增某些復(fù)雜的基因模板等出現(xiàn)問題時(shí)，應(yīng)測試不同的聚合酶及反應(yīng)緩沖體系。另外，PCR優(yōu)化試劑盒還提供了PCR增強(qiáng)劑，能增加引物的特異性，提高DNA聚合酶的熱穩(wěn)定性，適應(yīng)較寬范圍的退火溫度和Mg2+濃度。

標(biāo)準(zhǔn)的PCR過程分為三步：

DNA變性：（90℃-96℃）：雙鏈DNA模板在熱作用下，氫鍵斷裂，形成單鏈DNA

退火：（60℃-65℃）：系統(tǒng)溫度降低，引物與DNA模板結(jié)合，形成局部雙鏈。

延伸：（70℃-75℃）：在Taq酶（在72℃左右，活性最佳）的作用下，以dNTP為原料，從引物的3′端開始以從5′→3′端的方向延伸，合成與模板互補(bǔ)的DNA鏈。

每一循環(huán)經(jīng)過變性、退火和延伸，DNA含量即增加一倍。如圖所示：現(xiàn)在有些PCR因?yàn)閿U(kuò)增區(qū)很短，即使Taq酶活性不是最佳也能在很短的時(shí)間內(nèi)復(fù)制完成，因此可以改為兩步法，即退火和延伸同時(shí)在60℃-65℃間進(jìn)行，以減少一次升降溫過程，提高了反應(yīng)速度。