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ChIP-Se
  • ChIP-Se

ChIP-Se

價(jià)格 9000
包裝 1EA
最小起訂量 1EA
發(fā)貨地 浙江
更新日期 2020-01-16

產(chǎn)品詳情

英文名稱:ChIP-Se
服務(wù)名稱: 染色質(zhì)免疫沉淀 ChIPSeq 測(cè)序提供商: 杭州晶佰生物技術(shù)有限公司
2020-01-16 ChIP-Se ChIP-Se 1EA/9000RMB 9000
染色質(zhì)免疫沉淀-測(cè)序(ChIP-Seq)
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概述
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染色質(zhì)免疫共沉淀技術(shù)(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP)也稱結(jié)合位點(diǎn)分析法,是研究體內(nèi)蛋白質(zhì)與DNA相互作用的有力工具,通常用于轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)或組蛋白特異性修飾位點(diǎn)的研究。將ChIP與第二代測(cè)序技術(shù)相結(jié)合的ChIP-Seq技術(shù),能夠高效地在全基因組范圍內(nèi)檢測(cè)與組蛋白、轉(zhuǎn)錄因子等互作的DNA區(qū)段。

ChIP-Seq的原理是:首先通過(guò)染色質(zhì)免疫共沉淀技術(shù)(ChIP)特異性地富集目的蛋白結(jié)合的DNA片段,并對(duì)其進(jìn)行純化與文庫(kù)構(gòu)建;然后對(duì)富集得到的DNA片段進(jìn)行高通量測(cè)序。研究人員通過(guò)將獲得的數(shù)百萬(wàn)條序列標(biāo)簽精確定位到基因組上,從而獲得全基因組范圍內(nèi)與組蛋白、轉(zhuǎn)錄因子等互作的DNA區(qū)段信息。
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技術(shù)路線
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1.實(shí)驗(yàn)流程(Solexa)
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實(shí)驗(yàn)流程示意圖

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生物信息分析流程示意圖

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研究?jī)?nèi)容
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1.測(cè)序
對(duì)客戶提供的ChIP樣品(如果有陰陽(yáng)參啟動(dòng)子區(qū)域或DNA序列的)進(jìn)行定量檢測(cè),檢測(cè)合格后進(jìn)行測(cè)序文庫(kù)構(gòu)建、DNA成簇(Cluster generation)擴(kuò)增、高通量測(cè)序。

2.基本數(shù)據(jù)分析
數(shù)據(jù)產(chǎn)出統(tǒng)計(jì):對(duì)測(cè)序結(jié)果進(jìn)行圖像識(shí)別(Base calling),去除污染及接頭序列;統(tǒng)計(jì)結(jié)果包括:測(cè)定的序列(Reads)長(zhǎng)度、Reads數(shù)量、數(shù)據(jù)產(chǎn)量。

3. 高級(jí)數(shù)據(jù)分析
標(biāo)準(zhǔn)高級(jí)數(shù)據(jù)分析內(nèi)容包括:
(1)ChIP-Seq序列與參考序列比對(duì);
(2)Peak calling:統(tǒng)計(jì)樣品Peak信息(峰檢測(cè)及計(jì)數(shù)、平均峰長(zhǎng)度、峰長(zhǎng)中位數(shù));
(3)統(tǒng)計(jì)樣品Uniquely mapped reads在基因上、基因間區(qū)的分布情況及覆蓋深度;
(4)給出每個(gè)樣品Peak關(guān)聯(lián)基因列表及GO功能注釋;
(5)在多個(gè)樣品間,對(duì)與Peak關(guān)聯(lián)基因做差異分析。
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技術(shù)特點(diǎn)
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應(yīng)用領(lǐng)域
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由于ChIP-Seq的數(shù)據(jù)是DNA測(cè)序的結(jié)果,為研究者提供了進(jìn)一步深度挖掘生物信息的資源,研究者可以在以下幾方面展開(kāi)研究:

(1)判斷DNA鏈的某一特定位置會(huì)出現(xiàn)何種組蛋白修飾;
(2)檢測(cè)RNA polymerase II及其它反式因子在基因組上結(jié)合位點(diǎn)的精確定位;
(3)研究組蛋白共價(jià)修飾與基因表達(dá)的關(guān)系;
(4)CTCF轉(zhuǎn)錄因子研究。

案例分析
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ChIP-Seq案例研究
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Ellen Markljung等利用ChIP-Seq技術(shù),發(fā)現(xiàn):家豬IGF2基因(編碼Insulin-like growth factor 2)第三內(nèi)含子單堿基G→A的替換,導(dǎo)致抑制因子ZBED6在該基因上結(jié)合位點(diǎn)的喪失,從而使IGF2在骨骼肌中上調(diào)表達(dá)(表達(dá)量是正常情況的3倍),這一突變主要影響肌肉生長(zhǎng)(提高了骨骼肌的數(shù)量,因此豬肉產(chǎn)量提高了3~4%)、心臟增大和脂肪沉積。


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圖1 小鼠C2C12細(xì)胞ChIP-Seq結(jié)果(A)Igf2基因內(nèi)含子QTN位點(diǎn)ChIP-Seq Peak分布

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圖2 小鼠C2C12細(xì)胞ChIP-Seq結(jié)果(E)Gen Ontology分類

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圖3 小鼠C2C12細(xì)胞ChIP-Seq結(jié)果(F)ZBED6蛋白結(jié)合的轉(zhuǎn)錄因子家族

關(guān)鍵字: ChIP-Seq ;分子生物學(xué)

公司簡(jiǎn)介

成立日期 2014-05-30 (11年) 注冊(cè)資本 1000萬(wàn)人民幣
員工人數(shù) 年?duì)I業(yè)額
主營(yíng)行業(yè) 經(jīng)營(yíng)模式
  • 杭州晶佰生物技術(shù)有限公司
非會(huì)員
  • 公司成立:11年
  • 注冊(cè)資本:1000萬(wàn)人民幣
  • 企業(yè)類型:胡駿
  • 主營(yíng)產(chǎn)品:
  • 公司地址:杭州西湖科技園振華路212號(hào)林達(dá)科技樓1樓10層
詢盤

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