染色質(zhì)免疫共沉淀技術(shù)（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP）是研究體內(nèi)蛋白質(zhì)與DNA相互作用的有力工具，通常用于轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)或組蛋白特異性修飾位點(diǎn)的研究。將ChIP與新一代測(cè)序技術(shù)相結(jié)合的ChIP-Seq技術(shù)，能夠高效地在全基因組范圍內(nèi)檢測(cè)與組蛋白、轉(zhuǎn)錄因子等互作的DNA區(qū)段。
?ChIP-Seq首先通過染色質(zhì)免疫共沉淀技術(shù)（ChIP）特異性地富集目的蛋白結(jié)合的DNA片段，并對(duì)其進(jìn)行純化與文庫(kù)構(gòu)建，然后對(duì)富集得到的DNA片段進(jìn)行高通量測(cè)序。研究人員通過將獲得的數(shù)百萬(wàn)條序列標(biāo)簽精確定位到基因組上，從而獲得全基因組范圍內(nèi)與組蛋白、轉(zhuǎn)錄因子等互作的DNA區(qū)段信息。
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應(yīng)用領(lǐng)域：
???判斷DNA鏈的某一特定位置組蛋白修飾的類型
???精確定位RNA polymerase II及其它反式因子在基因組上結(jié)合位點(diǎn)
???組蛋白共價(jià)修飾與基因表達(dá)的關(guān)系的研究
???轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)和功能研究
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產(chǎn)品優(yōu)勢(shì)：
???檢測(cè)覆蓋范圍廣：全基因組范圍內(nèi)掃描目標(biāo)區(qū)域；
???檢測(cè)分辨率高：更利于精確定位目標(biāo)區(qū)域；
???樣本需要量低：需要的免疫沉淀后的DNA量可低至5-10ng；
???可靠性好：避免了非特異性雜交，背景低；
???性價(jià)比高：花費(fèi)較少即可檢測(cè)全基因組，獲取準(zhǔn)確豐富的信息。
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技術(shù)路線：
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分析內(nèi)容：
1.基本信息分析
按照標(biāo)準(zhǔn)過濾原則對(duì)將raw data過濾成clean data；
raw data及clean data的數(shù)據(jù)量及Q20、Q30統(tǒng)計(jì)；
raw data及clean data測(cè)序質(zhì)量分布圖，GC/AT含量分布圖，duplicate rate統(tǒng)計(jì)。
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2.標(biāo)準(zhǔn)信息分析
比對(duì)到參考基因組并統(tǒng)計(jì)比對(duì)結(jié)果（需提供參考基因組信息）；
Peak calling得出Peak region report(CSC bedformat file)；
去除multiple ?identical序列；
確定轉(zhuǎn)錄結(jié)合位點(diǎn)和組蛋白標(biāo)記；
Peak相關(guān)基因的GO注釋分析；
多個(gè)樣本間peak及相關(guān)基因的差異分析。
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3.高級(jí)信息分析
根據(jù)客戶的具體研究目的所開展的深入分析。
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樣品要求：
1. 樣品類型：ChIP-DNA；
2. 樣品濃度：≥10 ng/μl；
3. 樣品總量：≥100 ng；單次實(shí)驗(yàn)用量為30ng時(shí)實(shí)驗(yàn)的可重復(fù)性較好，因此請(qǐng)盡可能提供較多的樣品；若單次ChIP后DNA量不夠，建議將2~3次ChIP的DNA合并在一起；
4. 樣品純度：OD260/280為1.8~2.2；
5.DNA片段大?。悍植荚?00~500bp范圍，且主要片段在～250bp（清晰的電泳圖或2100檢測(cè)結(jié)果）。