在 DNA、RNA（瓊脂糖）和蛋白質（聚丙烯酰胺）電泳中，甲酚紅用作追蹤染料。在瓊脂糖中，甲酚紅運行的表觀分子大小約為 125 bp DNA。甲酚紅不抑制 Taq 聚合酶。近年來，甲酚紅作為 pH 敏感指示染料被應用于納米光學尿素生物傳感器膜和異核結構光纖 pH 傳感器中。
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