RNase R（Ribonuclease R）是一種來源于大腸桿菌RNR超家族的3’-5’核糖核酸外切酶，可從3’-5’方向?qū)NA逐步切割成二核苷酸和三核苷酸。RNase R可消化幾乎所有的線性RNA分子，但不易消化環(huán)形RNA、套索結(jié)構(gòu)或3’突出末端少于7個(gè)核苷酸的雙鏈RNA分子。
RNase R是circRNA的富集和鑒定實(shí)驗(yàn)必備工具酶，可消化線性RNA以使環(huán)形RNA(circRNAs)或套索結(jié)構(gòu)RNA(lariat RNA)得到富集。
RNase R消化RNA示意圖
應(yīng)用場(chǎng)景
circRNA的富集：高通量測(cè)序是大批量發(fā)現(xiàn)circRNA最快捷的方法，需要對(duì)circRNA進(jìn)行富集，此時(shí)RNase R消化就是必須的。
circRNA的鑒定：根據(jù)RNase R(+)和RNase R(-)組中是否檢測(cè)到條帶來證明檢測(cè)的分子是circRNA。
產(chǎn)品特征
特異性：特異性消化線性RNA
高效、快速：5-15min即可消化大部分線性RNA
buffer兼容性：消化產(chǎn)物可直接用于下游逆轉(zhuǎn)錄
使用方便：2種試劑，1步反應(yīng)
產(chǎn)品信息
名稱 | 貨號(hào) | 規(guī)格 | 目錄價(jià)（元） | 保存溫度 |
Ribonuclease R（RNase R) | R0301 | 500 U | 2280 | -20℃ |
R0302 | 5000 U | 詢價(jià) | -20℃ |
標(biāo)準(zhǔn)反應(yīng)體系下，于 37℃，10 min 將 1 μg poly(A)轉(zhuǎn)化成酸溶核苷酸所需的酶量定義為一個(gè)活力單位(U)。
產(chǎn)品組分
Storage Buffer |
50 mM Tris-HCl (pH 7.5), 100 mM NaCl, 0.1 mM EDTA, 1 mM DTT, 0.1% Triton? X-100, 50% Glycerol |
10X Reaction Buffer |
200 mM Tris-HCl (pH 8.0), 1 M KCl, 1 mM MgCl2 |
反應(yīng)體系
20 mM Tris-HCl (pH 8.0), 100 mM KCl, 0.1 mM MgCl2, 37℃孵育。
注：1）RNase R 在 0.1-0.5 mM Mg2+存在時(shí)活性最高，反應(yīng)中 EDTA 可能降低 RNase R 活性，此時(shí)可額外添加 MgCl2 使 Mg2+ 濃度最高達(dá)到 0.5 mM。2）孵育后可于 70℃，10 min 使酶失活，再進(jìn)行下游實(shí)驗(yàn)（如逆轉(zhuǎn)錄）；也可不滅活，直接純化后進(jìn)行下游實(shí)驗(yàn)。
質(zhì)量控制
SDS-PAGE 檢測(cè)純度>99%；Total RNA 經(jīng) RNase R 消化后進(jìn)行 RT-qPCR 檢測(cè)，線性 RNA 豐度明顯降低， 環(huán)形RNA 豐度基本不變。
性能比較：RNA電泳檢測(cè)
將10U RNase R加入到2.5 μg total RNA中，于37℃孵育30 min，之后直接進(jìn)行電泳檢測(cè)，結(jié)果顯示RNase R+組28/18/5S條帶變淡（不可見），表明RNase R對(duì)total RNA的消化作用。吉賽和公司e或公司a的RNase R對(duì)total RNA消化效果相當(dāng)。
性能比較：qRT-PCR檢測(cè)
將10U RNase R加入到2.5 μg total RNA中，于37℃孵育30 min，之后進(jìn)行RT-qPCR實(shí)驗(yàn)，結(jié)果顯示RNase R+ 組中hsa_circFOXO3_002和hsa_circMTO1_001的豐度基本不變，表明環(huán)形RNA耐受RNase R的消化。吉賽和公司e或公司a的RNase R效果相當(dāng)。
注：數(shù)據(jù)計(jì)算以“RNase R+吉賽”組為對(duì)照，設(shè)定其相對(duì)豐度值為1
關(guān)鍵字： 核糖核酸外切酶;
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