5,6.二羥基吲哚是黑素原的重要中間體, 黑色素是生物體內(nèi)的酪氨酸經(jīng)系列酶催化氧化反應形成。其中經(jīng)過的一個最重要的中間體就是5,6-二羥基吲哚。5,6-二羥基吲哚是生物體內(nèi)的物質(zhì)，無毒、副作用。以對苯二胺及其衍生物為原料的染發(fā)劑致癌、致畸性、過敏的不良影響。5,6-二羥基吲哚分子量小，作為永久染發(fā)劑，染發(fā)機理一樣，都是通過滲入毛發(fā)后，經(jīng)氧化聚合反應，形成有色的大分子物質(zhì)而被固定。目前已在一些洗化用品中被用來取代苯胺、苯酚類化合物。
5，6-二羥基吲哚也是一些氨基酸、生物堿、色胺的中間體，它對角蛋白纖維的染色有較好的效果。