木瓜蛋白酶是一種含疏基(-SH)肽鏈內(nèi)切酶，具有蛋白酶和酯酶的活性，有較廣泛的特異性，對動植物蛋白、多肽、酯、酰胺等有較強(qiáng)的水解能力，同時，還具有合成功能，能把蛋白水解物合成為類蛋白質(zhì)。溶于水和甘油，水溶液無色或淡黃色，有時呈乳白色；幾乎不溶于乙醇、氯仿和乙醚等有機(jī)溶劑。最適合PH值5.7(一般3～9.5皆可)，在中性或偏酸性時亦有作用，等電點(diǎn)18.75；最適合溫度55～60℃(一般10～85℃皆可)，耐熱性強(qiáng)，在90℃時也不會完全失活；受氧化劑抑制，還原性物質(zhì)激活。未經(jīng)澄清就干燥的酶即為粗制酶。

木瓜蛋白酶為白色至淺黃色無定形粉末，有一定吸濕性，或為液體。溶于水和甘油，水溶液無色至淡黃色，有時呈乳白色，幾乎不溶于乙醇，氯仿和乙醚等有機(jī)溶劑。

木瓜蛋白酶適用于魚類、貝殼類等水產(chǎn)品的水解。木瓜蛋白酶主要應(yīng)用于以下方面： Ⅰ、食品工業(yè)： 利用木瓜蛋白酶的酶促反應(yīng)，可把食品中大分子的蛋白質(zhì)水解成易于吸收的小分子肽或氨基酸，廣泛適用于如：雞、豬、牛、海產(chǎn)品、血制品、大豆、花生等動植物蛋白酶解、肉類嫩化劑、酒類澄清劑、餅干松化劑、面條穩(wěn)定劑、保健食品、醬油釀造及酒類發(fā)酵劑等，即可提高食品的營養(yǎng)價值，又可降低成本。 2、餅干行業(yè)： 降低面團(tuán)濕筋度、改良面團(tuán)可塑性及理化性質(zhì)，同時使蛋白質(zhì)大分子水解成短肽和氨基酸，從而有利于糖類和氨基類物質(zhì)進(jìn)行復(fù)雜的美拉德反應(yīng)，使產(chǎn)品上色快，色澤悅目有油潤光鮮感

由木瓜的未成熟果實(shí)，經(jīng)提取乳液、凝固、沉降、干燥而成粗制品。一般工業(yè)上以粗制品的應(yīng)用為主。木瓜蛋白酶的生產(chǎn)方法有三種，分別是直接熱風(fēng)烘干法、噴霧干燥法及膜分離凍干法。
直接烘干
生產(chǎn)方法較簡單、快速，但生產(chǎn)出來的成品只是粗酶，雜質(zhì)多、色澤差且微生物超標(biāo)，酶活力也較低，只有60萬～80萬單位/g。多為個體工廠采用，已不能滿足國內(nèi)食品質(zhì)量衛(wèi)生安全等。
噴霧干燥
此法是先通過離心去除部分雜質(zhì)后再進(jìn)行噴霧干燥，所生產(chǎn)出的成品酶活力相對高，達(dá)到100萬單位/g左右，雜質(zhì)相對也較少，色澤相對也較白。但產(chǎn)品噴霧時容易粘壁，酶活損失較大，水溶性相對也較差，而且酶活穩(wěn)定性也較差。
膜分離法
該生產(chǎn)方法不但避免了以上兩種方法的缺點(diǎn)，且生產(chǎn)過程衛(wèi)生安全，收率也高，所生產(chǎn)的成品酶活損失小，酶活力一般可達(dá)到280萬～350萬單位/g，最高可達(dá)400萬單位/g，且酶活穩(wěn)定性好，純度高，色澤潔白，細(xì)菌數(shù)低，嚴(yán)格操作可達(dá)到醫(yī)藥級別。

木瓜蛋白酶（Papain）簡稱木瓜酶，是利用未成熟的番木瓜（Carica papaya）果實(shí)中的乳汁，采用現(xiàn)代生物工程技術(shù)提煉而成的純天然生物酶制品。白色至淺棕黃色無定形粉末，有一定吸濕性，或為液體。溶于水和甘油，水溶液無色至淡黃爭，有時呈乳白色，幾乎不溶于乙醇、氯仿和乙醚等有機(jī)溶劑。由木瓜制得的商品酶制劑中，含有如下三種酶：(1)木瓜蛋白酶，分子量21000，約占可溶性蛋白質(zhì)的l0%； (2)木瓜凝乳蛋白酶，分子量36000，約占可溶性蛋白質(zhì)的45%；(3)溶菌酶，分子量25000，約占可溶性蛋白質(zhì)的20%。
其主要作用是對蛋白質(zhì)有極強(qiáng)的加水分解能力。最適作用溫度為65℃，最適作用pH值為5.0～7.0，在中性或偏堿性時亦有作用，耐熱性強(qiáng)，可在50～60 ℃時使用。90℃時不會完全失活。等電點(diǎn)pH8.75。酶制劑。主要用于啤酒抗寒(水解啤酒中的蛋白質(zhì)，避免冷藏后引起的渾濁)、肉類軟化(水解肌肉蛋白和膠原蛋白，使肉類嫩化)、谷類預(yù)煮的準(zhǔn)備、水解蛋白質(zhì)的生產(chǎn)。在啤酒抗寒和肉類軟化方面的應(yīng)用，遠(yuǎn)比其他蛋白酶類廣泛。用量一般為1～4mg/kg。木瓜蛋白酶廣泛用于肉類嫩化，也可作為啤酒的澄清劑使用。我國規(guī)定可用于餅干、肉禽制品水解和動、植物蛋白，按生產(chǎn)需要適量使用。木瓜蛋白酶能夠?qū)⒗w維蛋白酶原激活成為纖維蛋白溶酶。它只作用于壞死組織，溶解病灶內(nèi)的纖維蛋白、血凝塊和壞死物質(zhì)。清潔創(chuàng)面，助長新生肉芽，促進(jìn)排膿排液。加速傷口愈合。木瓜蛋白酶常用于治療水腫，炎癥以及驅(qū)蟲（線蟲）等疾病。但是用藥后有輕度皮膚炎和局部出血、疼痛感。反復(fù)使用可引起過敏反應(yīng)。嚴(yán)重肝腎病患者慎用，血凝機(jī)能不全及全身感染病人忌用，忌同抗凝劑配伍。
口服，每次1～2單位。

木瓜蛋白酶可用于生化研究，其是一種重要的半胱氨酸蛋白酶，用于多肽合成。用于生產(chǎn)抗體的Fab 片段；由于對某些組織很少損傷，所以也用于細(xì)胞裂解。裂解氨基酸（leucine, or glycine）。

用于醫(yī)藥、食品工業(yè)及化妝品添加劑干木瓜乳液^{硅藻土；沙子；0.04mol·L-1半胱氨酸}→_{抽提，過濾}粗提取液
^NaOH;Ph9→_{除Ph9不溶物}上清液
沉淀、離心
粗提取液^{(NH₄)₂SO{4}→_{沉淀；離心}沉淀^{0.02mol·L-1半胱氨酸;Ph7}→_溶解溶液
^{NaCl(固體）}→_{沉淀；離心}沉淀^{0.02mol·L-1半胱氨酸；Ph6.5}→_溶解溶液
冷凍、離心、重結(jié)晶
溶液⁴⁰→_{冷凍；離心}結(jié)晶^H₂O;NaCl→_{重結(jié)晶}成品由木瓜(Caric papaya)的未成熟果實(shí)，經(jīng)提取乳液、凝固、沉降、干燥而成粗制品。一般工業(yè)上以粗制品的應(yīng)用為主。