Solexa的測(cè)序原理是可逆終止化學(xué)反應(yīng)。DNA片段加上接頭之后,可以隨機(jī)的附著于玻璃表面(Flow cell),并且在固相的表面經(jīng)過橋式擴(kuò)增。這樣就形成了數(shù)千份相同的單分子簇,被用做測(cè)序模板。測(cè)序采取邊合成邊測(cè)序的方法,和模板配對(duì)的ddNTP原料被添加上去,不配對(duì)的ddNTP原料被洗去,成像系統(tǒng)能夠捕捉熒光標(biāo)記的核苷酸。隨著DNA 3'端的阻斷劑的去除,下一輪的延伸就可以進(jìn)行。和焦磷酸測(cè)序不同,每次DNA的只能延伸一個(gè)核苷酸。Solexa的讀長(zhǎng)在100-150bp之間,適合小RNA鑒定、甲基化和表觀遺傳學(xué)研究。
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