D-扁桃酸是一種極性分子，由于其中含有羥基和羧基，使得分子具有一定的親水性。由于D-扁桃酸是一種手性分子，其物理化學性質受到其分子的立體結構的影響。此外，D-扁桃酸的酸堿性質也受到分子結構的影響，其羧基的酸性較弱，是由于手性碳原子上的羥基取代了一個氫原子，使得負電荷的共振穩(wěn)定性降低。從化學反應的角度來看，D-扁桃酸的手性結構也對其反應產(chǎn)物的手性產(chǎn)生影響。這種手性性質在有機合成中具有重要意義，可以用于制備手性分子的藥物和化學品。
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