木瓜蛋白酶是一種含疏基(-SH)肽鏈內切酶，具有蛋白酶和酯酶的活性，有較廣泛的特異性，對動植物蛋白、多肽、酯、酰胺等有較強的水解能力，同時，還具有合成功能，能把蛋白水解物合成為類蛋白質。溶于水和甘油，水溶液無色或淡黃色，有時呈乳白色；幾乎不溶于乙醇、氯仿和乙醚等有機溶劑。最適合PH值5.7(一般3～9.5皆可)，在中性或偏酸性時亦有作用，等電點18.75；最適合溫度55～60℃(一般10～85℃皆可)，耐熱性強，在90℃時也不會完全失活；受氧化劑抑制，還原性物質激活。未經澄清就干燥的酶即為粗制酶。

木瓜蛋白酶為白色至淺黃色無定形粉末，有一定吸濕性，或為液體。溶于水和甘油，水溶液無色至淡黃色，有時呈乳白色，幾乎不溶于乙醇，氯仿和乙醚等有機溶劑。

由木瓜的未成熟果實，經提取乳液、凝固、沉降、干燥而成粗制品。一般工業(yè)上以粗制品的應用為主。木瓜蛋白酶的生產方法有三種，分別是直接熱風烘干法、噴霧干燥法及膜分離凍干法。
直接烘干
生產方法較簡單、快速，但生產出來的成品只是粗酶，雜質多、色澤差且微生物超標，酶活力也較低，只有60萬～80萬單位/g。多為個體工廠采用，已不能滿足國內食品質量衛(wèi)生安全等。
噴霧干燥
此法是先通過離心去除部分雜質后再進行噴霧干燥，所生產出的成品酶活力相對高，達到100萬單位/g左右，雜質相對也較少，色澤相對也較白。但產品噴霧時容易粘壁，酶活損失較大，水溶性相對也較差，而且酶活穩(wěn)定性也較差。
膜分離法
該生產方法不但避免了以上兩種方法的缺點，且生產過程衛(wèi)生安全，收率也高，所生產的成品酶活損失小，酶活力一般可達到280萬～350萬單位/g，最高可達400萬單位/g，且酶活穩(wěn)定性好，純度高，色澤潔白，細菌數低，嚴格操作可達到醫(yī)藥級別。